食物蛋白质在消化过程中，有一小部分不能被消化，还有一小部分消化产物不能被吸收，肠道细菌对这部分蛋白质及其消化产物所起的作用，称为蛋白质的腐败作用。

　　实际上，腐败作用是细菌本身的代谢过程，以无氧分解为主。腐败作用可以产生少量脂肪酸及维生素等可被机体利用的物质；但大多数腐败作用的产物对人体有害，这里介绍几种有害物质的生成。

　　1．胺类

　　肠道细菌蛋白酶使蛋白质水解成氨基酸，氨基酸经肠道细菌脱羧基产生胺类， 如食物中的酪氨酸、苯丙氨基酸，经肠菌脱羧酶的作用分别转变为酪胺及苯乙胺，正常时这两种胺在肝内被单胺氧化酶分解清除，肝功能衰竭时，清除发生障碍，此二种胺可进入脑组织，在脑内经可羟化形成胺β-羟酪胺和苯乙醇胺。后二者的化学结构与正常神经递质儿茶酚胺相似，但不能传递神经冲动或作用很弱，因此称为假性神经递质，可取代正常神经递质，阻碍神经冲动传递，使大脑发生异常抑制，出现意识障碍与昏迷，这可能是肝性脑病（肝昏迷）发生的原因之一。

　　2．氨

　　肠道细菌使未被吸收的氨基酸脱氨基生成氨，是肠道氨的重要来源之一；另一来源是血液中尿素渗入肠道，受肠道细菌尿素酶的水解而生成氨。

　　氨具有毒性，脑组织对氨尤为敏感，血液中1%的氨就会引起中枢神经系统中毒。正常情况下，这些氨大部分被吸收进入血液，在肝中合成尿素。

　　3．其它有害物质

　　还可产生其他有害物质如苯酚、吲哚、甲基吲哚及硫化氢等。